Алексей Агафонов родился в 1976 г. в г. Алма-Ата Казахской ССР.
Окончил Сочинский государственный университет туризма и курортного дела по специальности мировая экономика. 
С 1998 года работал в налоговой инспекции Центрального района города Сочи, служил в органах налоговой полиции РФ, в ГУВД Краснодарского края.
В 2004 году -  директор по общим вопросам, финансовый директор ОАО "Пансионат "Олимпийский-Дагомыс", затем  - заместитель генерального директора по экономике и финансам, директор ООО "Балаковский завод волоконных материалов" в городе ...